| 大肠杆菌转录起始位点的计算定位方法 |
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| 引用本文： | 杜耀华,倪青山,王正志. 大肠杆菌转录起始位点的计算定位方法[J]. 国防科技大学学报, 2006, 28(4): 88-92 |
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| 作者姓名： | 杜耀华 倪青山 王正志 |
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| 作者单位： | 国防科技大学,机电工程与自动化学院,湖南,长沙,410073;国防科技大学,机电工程与自动化学院,湖南,长沙,410073;国防科技大学,机电工程与自动化学院,湖南,长沙,410073 |
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| 摘 要： | 根据已有的启动子识别算法,提出了一种基于滑动窗口的大肠杆菌转录起始位点(TSS)计算定位方法,通过在启动子信号特征中引入复合模式来改进识别分类器,并将其用于滑动窗口序列,在合理限定的TSS定位范围内依次计算各个序列位置的TSS似然得分,再利用TSS与翻译起始位点(TLS)的距离分布信息作为TSS的位置得分,两者相结合来进行位置预测。对大肠杆菌真实数据的测试表明,算法可以大幅度减少假阳性结果,实现对真实TSS位置的有效预测。
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| 关 键 词： | 大肠杆菌 转录起始位点 计算定位 复合模式 滑动窗口 |
| 文章编号： | 1001-2486(2006)04-0088-05 |
| 收稿时间： | 2006-02-28 |
| 修稿时间： | 2006-02-28 |
Computational Localization of Transcription Start Sites in Escherichia Coli Genomic Sequences |
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| DU Yaohu,NI Qingshan and WANG Zhengzhi. Computational Localization of Transcription Start Sites in Escherichia Coli Genomic Sequences[J]. Journal of National University of Defense Technology, 2006, 28(4): 88-92 |
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| Authors: | DU Yaohu NI Qingshan WANG Zhengzhi |
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| Affiliation: | College of Mechatronics Engineering and Automation, National Univ. of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Mechatronics Engineering and Automation, National Univ. of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Mechatronics Engineering and Automation, National Univ. of Defense Technology, Changsha 410073, China |
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| Abstract: | |
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